Die Isla Contoy ist ein spezielles Biosphären Naturschutzgebiet und eines der bedeutendsten Vögelrefugien Mexikos. Dis Insel gehört zum Bundesstaat Quintana Roo und ist ein tropisches Vogelparadies. Die ökologische Bedeutung der Insel liegt vor allem in ihrer großen Seevogelpopulation, ihre Lagunen und Sümpfe beherbergen 152 eingetragene Vogelarten mit Tausenden von Fregattvögeln, Pelikanen und Kormoranen und stellt eines der wertvollsten ornithologischen Schutzgebiete Yucatáns dar. Die Strände sind Eiablageplätze für mehrere bedrohte Arten von Meeresschildkröten und die geschützten Gewässer sind auf Grund der herrschenden Strömungsverhältnisse fischreich und die tiefen Meeresgewässer sind von Rochen und Walhaien bevölkert.
Die Isla Contoy mit ihren 7 Lagunen und Mangrovensümpfen liegt an der Ostspitze Yucatáns in unmittelbarer Nähe zu den großen Touristenzentren der mexikanischen Karibikküste, ungefähr 30 Kilometer nördlich von Isla Mujeres und ca. eine Bootsstunde von Cancún entfernt.
Die Isla Contoy wurde bereits 1961 als Naturreservat und Fauna Refugium ausgewiesen und war damit das erste Schutzgebiet der Yucatán Halbinsel und wurde schließlich im Februar 1998 zum Nationalpark erklärt. Die Insel ist etwa 8.5 km lang und hat eine Fläche von 317 Hektar. Die breiteste Stelle misst etwa 220 Meter.
Der Nationalpark Isla Contoy befindet sich komplett im Besitz des mexikanischen Staates und hat eine Größe von 4.900 ha, davon entfallen 317 ha auf die Insel selbst, der Rest sind Salzwasserlagunen und offenes Meer , einschl. des Korallenriffs Ixlaché.
Zugelassen sind nur Tagesgäste, Übernachtungen auf der Insel sind für Touristen nicht gestattet. Isla Contoy bietet, mit Ausnahme einfacher Quartiere für Wissenschaftler, keine Übernachtungsmöglichkeiten für Touristen. Eine jährliche Höchstgrenze für Besucher wurde nicht festgelegt, täglich sollen aber nicht mehr als 200 Touristen die Insel besuchen. Tagesausflüge nach Isla Contoy werden von Cancún und von Isla Mujeres aus angeboten.
1993 konstituierten sich die Amigos de Isla Contoy (AIC), ein Zusammenschluss der Reiseveranstalter und lokalen Bootsbesitzer, die ihren Beitrag zum erhalt des Nationalparks leisten. AIC ist in erster Linie ein Interessenverband, der es sich zum Ziel gesetzt hat, die Intaktheit der Insel als Ökosystem und als touristische Attraktion zu gewährleisten.