Die Isla Contoy ist ein spezielles Biosphären Naturschutzgebiet und eines der bedeutendsten Vögelrefugien Mexikos. Dis Insel gehört zum Bundesstaat Quintana Roo und ist ein tropisches Vogelparadies. Die ökologische Bedeutung der Insel liegt vor allem in ihrer großen Seevogelpopulation, ihre Lagunen und Sümpfe beherbergen 152 eingetragene Vogelarten mit Tausenden von Fregattvögeln, Pelikanen und Kormoranen und stellt eines der wertvollsten ornithologischen Schutzgebiete Yucatáns dar. Die Strände sind Eiablageplätze für mehrere bedrohte Arten von Meeresschildkröten und die geschützten Gewässer sind auf Grund der herrschenden Strömungsverhältnisse fischreich und die tiefen Meeresgewässer sind von Rochen und Walhaien bevölkert.